Auf Basis des Grundgesetzes (Art. 7,4) der Hessischen Landesverfassung (§ 56) und des Hessischen Schulgesetzes (§ 166-176) ist das Franziskanergymnasium Kreuzburg ein staatlich anerkanntes Gymnasium in freier Trägerschaft. Dort ist geregelt, dass Schulen in freier Trägerschaft in besonderer Weise religiös, pädagogisch oder weltanschaulich geprägt sein können und dass sie abweichend von den Vorschriften für öffentliche Schulen ihre Lehr- und Unterrichtsmethoden, die Lehrinhalte und die Organisation des Unterrichts festlegen können.
Seit dem 01.08.2002 ist die Franziskanergymnasium Kreuzburg gGmbH Träger des Franziskanergymnasiums Kreuzburg. Alleiniger Gesellschafter der Franziskanergymnasium Kreuzburg gGmbH ist seit dem 01.08.2019 die Franziskus-Stiftung Kreuzburg.